Uživatelské nástroje

Nástroje pro tento web


public:biotech2011:report

Reportáž

Letní školu Systémové Biologie a Bioinformatiky jsem začali připravovat už v březnu a postupem času dostával jak odborný tak i doprovodný program reálné obrysy. Studenti se začali hlásit a na konci června byl přihlášen plný počet 20 účastníků. Potom ale přišly prázdniny a když jsme začátkem srpna poslali podrobné informace, studenti se jeden po druhém začali omlouvat z účasti. Protože se už nepodařilo oslovit další, zůstalo nakonec 13 statečných - 8 studentek a 5 studentů - kteří naštěstí skutečně dorazili a tak mohla akce začít.



Den první

Cesta na základnu

Cestou ze srazu na Řečkovickém nádraží až na základnu Strážná se odehrálo několik aktivit, během níž jsme si všichni mohli zapamatovat svá jména a trochu víc se poznat při řešení jednoduchých úkolů v malých skupinách.

Bioinformatika

Po příchodu na základnu a obědě začala první přednáška, kterou měl Matej Lexa. Představil nám základy Molekulární genetiky a Bioinformatiky. Co je to DNA, RNA a bílkoviny. Jakou mají strukturu a jak vznikají. Jak se dá struktura zjišťovat a jaké jsou v současnosti nejmodernější sekvenační techniky.

Součástí byla také krátká dílna na skládání sekvencí DNA, při níž si každý mohl vyzkoušet jak složité je vyznat se v hromadě písmenkových sekvencí a proč je pro podobné účely vhodné používat počítače.

Dynamixy

Série pěti krátkých úkolů, které se řešili v 4-5 členných skupinkách umožnili každému se zapojit a přispět svým nápadem i zápalem k překonání překážek a dosažení cíle.

Letní škola

Po večeři nám Adam představil malostrukturovanou hru využívající prvků hraní rolí. Skupinka dětí na mezinárodním jazykovém táboře se musela vypořádat nejen s jazykovými bariérami a vzájemnými spory, ale také blížící se kosmickou katastrofou.

Den druhý

Modelování

Po Terčině budíčku a snídani přišla na řadu Adamova přednáška o základech modelování. Dozvěděli jsme se jaké jsou principy a prvky modelování, proč je tak důležité a co nám může říci. Po přednášce navazovala dílna, během které si všichni na zapůjčených noteboocích z Gymnázia tř. Kpř. Jaroše 14 mohli spustit několik modelů v programu NetLogo, podívat se jak tyto modely fungují, jak jednotlivé parametry ovlivňují celkové vznikající chování a také si jednoduchý model sami vytvořit.

Běhací abeceda

Po přednášce byla možnost se pořádně protáhnout při týmové běhací hře, během níž se sbíraly, směňovaly a kompletovaly uhlovodíky.

Vězňův turnaj

Dilema vězně je klasický problém z teorie her, otázku nakolik a kdy je výhodné spolupracovat nebo podvádět si mohli všichni vyzkoušet řešit s pomocí strategií zadávaných do počítače a vyhodnocovaných v rámci dvoukolového turnaje.

Výcvik

Před programem Red Code, který následoval další den bylo potřeba představit všem účastníkům základy orientace v terénu, práce s mapou a buzolou, navigace pomocí GPS, komunikace přes vysílačky jak na soukromé tak i sdílené frekvenci.

Katastrofa

Na večerní diskusně-přednáškovou-dílnu nás přijel navštívit Ladislav Nedbal. Tématem jsme se vrátili k včerejšímu večeru a možné kosmické katastrofě v podobě silného záblesku záření gama směřovanému na Zem. Našim cílem bylo rozmyslet si, jaké krátkodobé a dlouhodobé důsledky by podobná událost mohla mít a co by to znamenalo pro život na planetě. Diskuse se postupně dostala až podstatě života a jeho počátcích a skončila s poněkud méně bizarními ačkoliv o to pravděpodobnějšími hrozbami, které možná lidstvo v nejbližších desítkách a stovkách let čekají.

doc. RNDr. Ladislav Nedbal, DrSc.Záblesk paprsků gama

Pastvina

Z vesmírných končin a daleké budoucnosti jsem se vrátili na malý kousek travnaté půdy obývaný několika vesnicemi. Začala simulační hra Pastvina, při které si všichni mohli vyzkoušet jak jednoduché je vyčerpat sdílený zdroj a jak obtížná je náprava takové situace.

Den třetí

Systémová biologie

Po ranním Papiho pohybovém pexesu začala Tomášova přednáška o tom co je to Systémová biologie a o co se snaží. Jak modelovat chování a vlastnosti živých systémů na nejrůznějších úrovních, co je to redukcionistický a holistický přístup a co nám mohou říci jsme si všichni mohli nejen poslechnout ale také vyzkoušet například při živých simulacích chemotaxe bakterií.

Po obědě jsme vyrazili vlakem a hromadnou dopravou do nově zbudovaného Univerzitního kampusu v Bohunicích, kde na nás již čekala Marta Zeisbergerová z Laboratoře analytické biochemie Ústavu biochemie Přírodovědecké fakulty spolu s jejími kolegy z dalších laboratoří.

Postupně jsme měli možnosti vidět analýzu proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie, analýzu 3D proteinových struktur pomocí nukleární magnetické rezonance, vývoj proteinových rostlinných vakcín z hub, rastrovací tunelovací mikroskopii, vývoj mikroteček s různými optickými vlastnostmi a analýzu metabolitů pomocí kapilární elektroforézy.

Poté jsme přejeli na Fakultu informatiky, kde nám David Šafránek pověděl něco o tom, jak se dělá věda na Univerzitě a obzvlášť v Sybile. Sven se potom pokusil představit co všechno se na fakultě děje, jak se k nám dostat a jaký je studentský život na vysoké škole obecně.

FoldIt!

Po návratu na základnu a vydatné večeři začal turnaj ve hře FoldIt!. Tato online hra umožňuje hráčům skládat proteiny v 3D prostoru a pomáhat tak vědcům při výzkumu nových struktur doposud neznámých proteinů ale také přicházet na automatické postupy, jak tyto struktury vypočítávat.

Red Code

Zřícení neidentifikovaného špionážního satelitu vyvolalo velký zájem mnoha světových bezpečnostních agentur a tak byly povoláni ti nejlepší agenti z USA, Ruska a Izraele. Orientace v neznámém nočním terénu, hledání trosek, luštění šifer, zaměřování cizích jednotek a komunikace se Základnou trvala až do pozdně nočních hodin.

Den čtvrtý

Simulace

Po Bondovské rozcvičce a snídani následovala Janina přednáška o různých druzích simulace. Na vlastní kůži jsme si vyzkoušeli jak probíhají stochastické chemické reakce a jak je možné vypočítat trajektorie řešení systémů obyčejných diferenciálních rovnic.

Válka barev

V daleké budoucnosti se lidstvo ve snaze adaptovat se na blížící se kosmickou katastrofu vyvinulo do dvou zcela odlišných forem - Mutantů a Kyborgů. Tito po neúspěšném jednání o rozdělení zbývajících nerostných zdrojů na planetě zahájili totální válku.

Dvacet let

O tom co se stalo v minulých dvaceti letech a co dalšího by se mohlo stát v těch nadcházejících jsme se zamysleli spolu s Terkou. Krom názorů na to kdy a zda vůbec se něco stane jsme si také popovídali o tom, zda bychom si přáli, aby se různě věci jako genové modifikace lidí, auta na elektřinu, přijetí eura nebo vstup Turecka do EU vůbec staly.

Táborák

Po večeři jsme se vydali z lesa natahat dříví, rozdělali oheň, opekli pár špekáčků, zahráli a zazpívaly známé i méně známé písničky, usnuli, probudili se, povídali si a pozdě v noci šli spát.

Den poslední

Zhodnocení a konec

Ráno jsme se proběhli a pozdravili slunce a po snídani jsme se pustili do hodnocení celé akce. Každý mohl napsat na kus papíru jak se mu který program libíl, jak mu přišel přínosný, zajímavý a pochopitelný, přepsané výsledky jsou k vidění na stránce Závěrečná zpětná vazba. Poté jsme si ještě sedli do kroužku a zkoušeli se zamyslet nad tím, co nám akce dala a jak bychom ji mohli příště udělat jinak a lépe.

Poté byl už čas uklidit základnu a vydat se na cestu domů.

BioTech skončil a věřím, že jsme si z něj všichni odnesli něco, co nás posune dál a pomůže nám lépe chápat svět kolem.

Těším se na viděnou někdy příště.

Poděkování

Účastníkům

Za to, že na akci přijeli, šli do všech programů naplno a během přednášek se snažili všechno pochopit.

Zleva nahoře: Kuba, Jirka, Ondra, Katka, Lucka, Rosťa/Martin, Sven, Lukáš, Maky, Eva, Pepa, Magda
dole: Katka, Míša, Galbi

Jméno Příjmení Škola Kraj
Ondřej Cifka Gymnázium Praha 6 Nad Alejí Praha
Lucie Hrubanová Gymnázium Brno-Řečkovice JMK
Josef Poul Biskupské gymnázium Žďár nad Sázavou VYS
Jakub Drahotský Biskupské gymnázium Žďár nad Sázavou VYS
Markéta Stará Biskupské gymnázium Žďár nad Sázavou VYS
Kateřina Vališová Gymnázium Vincence Makovského Nové Město na Moravě VYS
Martin Rosypal Gymnázium, Brno-Řečkovice JMK
Michaela Leopoldová Biskupské gymnázium Žďár nad Sázavou VYS
Jiří Vrbka Gymnázium a SOŠ Moravské Budějovice VYS
Magdalena Šefferová Gymnázium, Brno-Řečkovice JMK
Kateřina Kutálková Gymnázium Vyškov JMK
Eva Vojáčková Městské víceleté gymnázium Klobouky u Brna JMK
Anna Galbová Gymnázium, Brno, třída Kapitána Jaroše 14 JMK

Organizátorům

Za přípravu, nadšení, probdělé noci a odvahu zkoušet nové věci:

  • Terce Doležalové
  • Honzu „Papimu“ Papouškovi
  • Adamu Streckovi
  • Tomáši Vejpustkovi
  • Janě Fabrikové
  • Svenu Dražanovi

Za pohodové zajištění velmi chutných a vydatných jídel vždy včas:

  • Jirku „Billovi“ Bilíkovi
  • Lukáši „Divochovi“ Maňákovi

Všem ostatním

Laboratoři Systémové Biologie

Sybila - Laboratoř Systémové Biologie

Za podporu během organizování letní školy, a to nejen finanční, ale také materiální a především v lidské rovině svým dlouhodobým vedením i osobním zapojením.

  • Luboši Brimovi
  • Mateji Lexovi
  • Ladislavu Nedbalovi
  • Davidu Šafránkovi
prof. RNDr. Luboš Brim, CSc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. doc. RNDr. Ladislav Nedbal, DrSc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Gymnáziu na třídě Kapitána Jaroše 14 v Brně

RNDr. Jiří Herman, Ph.D.

Především pak panu řediteli Jiřímu Hermanovi za zapůjčení 10 notebooků z Gymnázia na třídě Kapitána Jaroše 14 a velmi vstřícné jednání během jejich půjčování a vracení.

Přírodovědecké fakultě

prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.Přírodovědecká fakulta MUMgr. Marta Zeisbergerová, Ph.D.

Jmenovitě

Hmotnostní spektrografie na MALDINukleární magnetická rezonanceSkenovací tunelovací mikroskopRostlinné vakcíny z extraktů hub

Dále Michalu Bulantovi za podporu a pomoc s propagací v rámci projektu NaturTech.

Mgr. Michal Bulant, Ph.D.NaturTech - Podpora přírodovědných a technických oborů na SŠ

Skautům z Třináctého střediska

Třinácté středisko Junáka

Za vstřícný postoj při pronajímání jejich základny.

  • Michalu „Pešni“ Zedníčkovi
  • Panu Leicherovi

Instruktorům Brno

Za inspiraci a Know-how

Instruktoři Brno

A za zapůjčení GPS

  • Gustovi Novotnému
  • Michalovi Šrubařovi

Radiosportu Bílovice

A panu Jiřímu „Kiwi“ Marečkovi za zapůjčení radiostanic pro noční hru z jejich oddílu.

SK Radiosport Bílovice nad Svitavou

Projektu OP VK

Za podporu části organizačního týmu.

OpVK
public/biotech2011/report.txt · Poslední úprava: 2011/09/03 19:44 autor: Sven Dražan

Nástroje pro stránku